Το Κέντρο λειτουργεί στο Τμήμα Έρευνας το οποίο έχει ετήσιο προϋπολογισμό όπως αυτός προβλέπεται από το συνολικό προϋπολογισμό του 251ΓΝΑ. Στο σύνολο των δαπανών περιλαμβάνονται η μισθοδοσία των ιατρών και λοιπού προσωπικού, η γραμματειακή υποστήριξη, ο υλικοτεχνικός εξοπλισμός, τα εκπαιδευτικά και ερευνητικά έξοδα. Να σημειωθεί ότι η καθημερινή λειτουργία του Κέντρου δεν επιβαρύνει με πρόσφατες δαπάνες το Νοσοκομείο με δεδομένο ότι χρησιμοποιεί στην παρούσα φάση τις υπάρχουσες δομές, όπως και για τους υπόλοιπους ασθενείς.